Družinový systém je jedním ze základních prvků skautské výchovy. Skautskou družinu vede starší a zkušenější chlapec či dívka, tzv. družinový rádce. Mladší děvčata tvoří roje světlušek, mladší chlapci smečky vlčat. Jejich družiny se nazývají šestky.
Několik družin tvoří dohromady oddíl. Rádcové družin a jejich zástupci, podrádcové, v čele s vedoucím oddílu tvoří oddílovou radu zajišťující chod oddílu.
… už od dětství se mladí lidé učí přijímat odpovědnost za druhé a podílet se na vedení svých vrstevníků…
Základní organizační jednotkou Junáka jsou střediska, která sdružují oddíly a kluby dospělých. Činnost každého střediska zajišťuje středisková rada volená střediskovým sněmem. Středisko poskytuje oddílům právní a finanční záštitu a také další zázemí potřebné pro dobré působení oddílů.
Na regionálních úrovních pracují nově vzniklé krajské a dosavadní okresní rady Junáka. Ty také na tři roky volí příslušný krajský či okresní sněm.
Vrcholným orgánem Junáka je Valný sněm a Náčelnictvo. Výkonným orgánem je Výkonná rada Junáka v čele se starostou.
Mimo tuto organizační strukturu stojí „jednotky se speciálním výchovným zaměřením“, jako je například Hlavní kapitanát vodních skautů, Klub skautských sběratelů nebo Tiskové a distribuční centrum.